Kyôto, 1999.

Le professeur Fuyutsuki est invité par des amis à boire un verre. Il apprend qu'une "étudiante qui écrit une thèse intéressante sur la biotechnologie", nommée Yui IKARI, voudrait le rencontrer. Trouvant cette thèse stimulante, Fuyutsuki rencontre Yui, qui lui confie toutefois ne pas encore savoir ce qu'elle veut faire, si ce n'est fonder un foyer.

1999 toujours.

Fuyutsuki rencontre Gendô ROKUBUNGI, alors salement amoché suite à une bagarre : "Je n'ai pas l'habitude d'être apprécié mais détesté", dit Gendô. La première impression de Fuyutsuki à son sujet fut qu'il était "un type répugnant". Peu de temps après pourtant, il apprend le mariage de Gendô avec Yui dont il adopte d'ailleurs le patronyme. D'après Fuyutsuki, "ses approches visaient les talents de Yui et l'organisation derrière elle : une organisation appelée Seele".

2000, prélude au Second Impact.

Une expédition est envoyée au pôle Sud pour étudier la découverte d'une créature géante (Adam) en Antarctique. Conduite par le professeur KATSURAGI, cette expédition comprenait également Gendô IKARI et Kiele LORENTZ, président de la Seele. Adam se trouvait initialement à l'intérieur de la Lune Blanche et a été détecté par l'énergie qu'il dégageait.

Qu'est-ce que la Lune Blanche? Au moment du First Impact (dont on ignore la véritable cause : météore qui causa la disparition des dinosaures? Déluge contemporain à Noé ou dû à la colère du dieu babylonien Marduk? L'hypothèse la plus probable évoque un météore qui, en tombant sur Terre, en aurait arraché une partie, créant ainsi la lune - cette théorie est justifiée par les articles de presse que l'on voit défiler dans l'ép.7, cf image), Adam et Lilith sont apparus sur Terre, premières sources de vie de la planète. Chacune de ces deux créatures donna naissance à sa propre descendance : Adam créa un œuf au pôle Sud, la Lune Blanche, que l'on suppose être le lieu d'origine des Anges (du 3ème au 16ème); Lilith pondit quant à elle sa Lune Noire à l'emplacement de Tôkyô-3 : c'est l'actuel Géofront. Cette Lune Noire serait le berceau de la race humaine : les Lilins.

Ayant probablement pris connaissance de l'imminence du Second Impact par l'intermédiaire des Manuscrits de la Mer Morte en leur possession, Gendô et Kiele ne veulent pas voir l'humanité détruite immédiatement sans pouvoir réagir. Ils cherchent donc à contrôler le déroulement du cataclysme pour en minimiser les effets, et leur permettre de réaliser leur propre projet (par l'intermédiaire d'un futur Third Impact?). Pour provoquer ce Second Impact, les deux hommes ont certainement incité à son insu le professeur Katsuragi à se servir de la Lance de Longinus (probablement déjà récupérée par le passé dans la Mer Rouge). Le contact de la Lance avec Adam devant servir de détonateur au Second Impact, tandis que pour le Third Impact on utiliserait Lilith, déjà découverte au Japon à ce moment là.

(Le fait que la Seele possède déjà Lilith est suggéré par le logo de l'organisation : 7 yeux répartis à droite et à gauche d'un triangle, comme sur le visage de Lilith, représentant les 7 yeux de Yahvé. A noter aussi : on suppose accessoirement que lors de ce contact des gènes humains ont été mis en présence avec l'Ange, donnant ainsi naissance à Kaoru, de même que Rei est née de la fusion de gènes de Lilith avec d'autres de Yui IKARI - cf plus loin. Reste à trouver qui est l'humain à l'origine de Kaoru… )

13 Septembre 2000 : le Second Impact.

L'expérience de capture de l'Ange a donc lieu comme prévu, alors que Gendô et Kiele sont déjà loin à l'abri. Adam se réveille lors du contact et sort de sa cavité tel un "géant de lumière" : c'est le Second Impact. Le professeur Katsuragi a tout juste le temps de mettre sa fille Misato, blessée (entre autres à la poitrine) dans un caisson protecteur avant que la moitié de la planète ne soit dévastée. Comme l'avaient espéré Kiele et Gendô, l'autre moitié est à peu près préservée : la reconstruction sera donc possible.
2001, après la catastrophe.

"D'où que l'on regardât, le monde n'était qu'un enfer." Gendô et Fuyutsuki se retrouvent sur un bateau dans ce qui reste de l'Antarctique. Fuyutsuki est étonné de voir Gendô encore en vie, car il le croyait "enterré avec la commission d'enquête Katsuragi". Il apprend que Gendô a un enfant de Yui (Shinji) et lui reproche la mauvaise réputation de la Seele ainsi que ses moyens de pression sur le Comité. Réponse de Gendô : "Il faut se salir un peu pour subsister." Fuyutsuki suppose qu'on lui a demandé de faire partie de la commission d'enquête sur le Second Impact parce qu'une commission constituée uniquement de membres de la Seele aurait fait scandale.

2002, le contraste entre discours officiels et officieux.

Misato qui a été récupérée est la seule survivante de l'expédition Katsuragi. Agée de 16 ans, "elle ne parle plus depuis deux ans. Elle a vu cet enfer." Fuyutsuki détient un rapport élaboré avec les enregistrements restants de l'expédition, qui contient une photo du "géant de lumière". "Plus tard, les Nations Unies publieront que la tragédie du Second Impact était due à la collision d'un énorme météore." Derrière cette information manipulée, Fuyutsuki soupçonne la présence de la Seele et de Kiele Lorentz.

2003, laboratoire sur l'évolution synthétisée.

Fuyutsuki reproche à Gendô de lui avoir caché l'existence de ce géant de lumière et les véritables événements du Second Impact, ainsi que le budget impressionnant qui lui est alloué. Il menace de tout révéler au grand public. Gendô l'emmène alors dans un endroit qui, dit-il, leur "a été légué par quelqu'un d'autre. 89% en sont ensevelis. C'était donc une zone souterraine sphérique à l'origine. Ceci est l'installation qui englobe tout ce que l'Homme possède." Cet endroit n'est autre que le Géofront, l'œuf de Lilith.

Le Dr AKAGI Naoko y travaille déjà sur sa "théorie de la biocomputique". "Je vais les appeler Magi", dit-elle, alors que sa fille Ritsuko, une adolescente brune, les observe. Gendô et le Dr Akagi font partie d'une organisation nommée Gehirn qui travaille sur le projet-E : des copies d'Adam, les Evangelions. La 1ère est l'Eva-00, de couleur orange, dont on n'aperçoit pour l'instant que la tête et le squelette. C'est ce que "nous, humains, avons construit à partir d'Adam: Eva." Fuyutsuki interroge : "Le prototype d'un Dieu?" Gendô de répondre : "Fuyutsuki, écrivons une nouvelle histoire pour l'Humanité vous et moi".

2004, Hakone - 2ème installation souterraine d'expérimentation.

Shinji assiste avec Gendô et les autres à la 1ère expérience directe de Yui sur l'Eva-01. Yui dit vouloir "montrer la vision d'un avenir radieux à [son] enfant." Naoko AKAGI commente : "Ce furent les dernières paroles d'Ikari Yui. L'expérience interdite la fit disparaître de ce monde. Comme je l'avais souhaité." Yui a effectivement atteint un taux de 400% de synchro avec l'Eva et a été absorbée à l'intérieur. Naoko fait volontairement échouer la tentative de sauvetage de Yui, par amour pour Gendô. Cet incident est connu sous le nom d'incident-E.

A partir de ce jour, Gendô a complètement changé. "Il commence un nouveau projet [qu'il a] soumis au président Kiele : les voies du seigneur demeurées impénétrables. Le Plan de Complémentarité de l'Homme." Le moyen pour lui de mettre la Seele de son côté tout en prévoyant de la doubler dans la dernière ligne droite pour retrouver sa femme.

2004 ou 2005, lieu inconnu (Allemagne? USA?).

Un nouvel incident-E mettant cette fois en scène l'Eva-02 et Sôryu Kyôko Zeppelin, la mère d'Asuka. Si le corps de celle-ci en sort indemne, son esprit reste cependant dans l'Eva et elle sombre dans la folie, confondant sa fille avec une poupée. Alors qu'elle se prépare à annoncer à sa mère qu'on l'a choisie pour être pilote d'Eva dans le futur, Asuka la découvre pendue, un sourire macabre aux lèvres, et sera placée chez des parents adoptifs.

2005, préfecture de Nagano - Tôkyô-2.

Misato KATSURAGI est selon Ritsuko "différente, franche […] et même très bavarde." Elle sort avec Ryôji KAJI, un étudiant de son université. Tandis qu'en surface la construction de Tôkyô-3 a commencé, Naoko parle à sa fille : "Les garçons t'effraient depuis longtemps ma chérie. Tu n'avais qu'une mère pour t'éduquer. Excuse-moi de ne pas avoir été plus autoritaire."

2008.

Naoko a terminé la théorie fondamentale de Magi. Ritsuko intègre officiellement le Gehirn et le projet-E au département technologie. Naoko et Gendô se disputent sous ses yeux. Sa mère reproche à Ikari de toujours penser à Yui, puis l'embrasse.

2010, Tôkyô-3.

Tôkyô-3 est achevée, de même que le Géofront que Gendô fait admirer à la petite Rei, "une enfant de [sa] connaissance". Rei rappelle étrangement Yui à Naoko. Tous les fichiers la concernant ont déjà été effacés. Le Magi System est également terminé. Casper, Melchior et Balthazar sont 3 parties de Naoko : la scientifique, la mère et la femme, qui se disputent entre elles.

Naoko se retrouve seule face à Rei qui l'appelle "la vieille" et lui parle effrontément. Rei dit que c'est Gendô qui parle ainsi : "La vieille est entêtée, la vieille est inutile." Naoko finit par l'étrangler : "Tu es inutile car tu as des substituts si jamais tu meurs. Toi Rei, identique à moi." Le 1er exemplaire de Rei meurt donc, mais il y en a d'autres : on apprendra plus tard que Rei est en fait un ensemble de "réceptacles" créés à partir de Lilith, comme les Evas mais à la différence près qu'elle est aussi le clone d'un être humain (Yui) créé par Gendô et donc pourvue d'une âme. Etant donné son âge, il semble assez peu probable qu'elle n'ait été créée qu'après la mort de Yui. Ce qu'on ne sait pas, c'est pourquoi et si Yui elle-même était au courant.

Peu de temps après, Naoko est "suicidée", ses "substituts" (le Magi System) étant pour leur part toujours opérationnels. Le Comité, présidé par Kiele LORENTZ, dissout le Gehirn et crée l'institut spécial NERV, avec Gendô à sa tête, afin de conserver le projet entier et de s'assurer un contrôle complet en prévision du Plan de Complémentarité de l'Homme et du Third Impact.

2012, la fuite de Shinji.

Ne supportant plus l'ambiance qui règne au laboratoire, Shinji est de plus en plus renfermé. Son père n'a pas d'autre recours que de le placer chez un tuteur.

2015, test d'activation de l'Eva-00 (vu dans l'ép.5)

Rei, la First Children, est aux commandes de l'eva-00 pour un test d'activation. Pourquoi First Children? Parce que comme vu précédemment il existe en fait plusieurs exemplaires de Rei (en l'occurrence celui-ci est le deuxième), d'où l'emploi du pluriel. Ce terme sera conservé pour les pilotes suivants.

L'Eva part en berserk et rejette les ordres. On coupe son alimentation, la Plug est éjectée violemment et Gendô inquiet l'ouvre à mains nues (se brûlant gravement par la même occasion) pour secourir Rei. Celle-ci est blessée (c'est l'origine de son état dans l'ép.1). On notera qu'elle conservera par la suite les lunettes de Gendô brisées durant le sauvetage.